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了解肉牛的 EPD 和基因组测试
作者:原创 浏览:183 发布日期: 2023-12-07
信息摘要:
了解肉牛的 EPD 和基因组测试 如果有 DNA信息,EPD 的准确性就会提高。这些计算称为基因组增强 EPD (GE-EPD)。本文将引导您...

了解肉牛的 EPD 和基因组测试

       如果有 DNA信息,EPD 的准确性就会提高。这些计算称为基因组增强 EPD (GE-EPD)。本文将引导您了解如何使用 EPD 来改善您的肉牛群体。


       近四十年来,预期后代差异(EPD)一直被用于改善肉牛的遗传。预期后代差异是对亲本向其后代的遗传表达能力的预测,并用于针对群体中所需的性状做出选择决策。对于指定的性状,EPD 值是根据牧场提交的数据计算的,以根据牛只的实际表现、后代表现、其他亲属的表现和基因组数据(如果有DNA 分析)进行育种关联。


       当 DNA 信息可用时,EPD 准确性就会提高,这些计算被称为基因组增强 EPD (GE-EPD)。因此,除了系谱、性能和后代数据外,GE-EPD 还利用基因组测试来提高牛只 EPD 的可靠性(Eenennaam 和 Drake,2012 年;Rolf 等人,2014 年)。


       结合所有可用的信息来源,GE-EPD 是对牛只作为亲代的遗传价值的最佳估计。基因组学可以为年轻牛只提供更高的准确性,并可以清晰地了解感兴趣的遗传特征,特别是那些测量成本昂贵的特征,例如饲料转化率、牛只的胴体特征、公牛的繁殖特征或母性特征。


       当牧场购买一头具有 GE-EPD 的年轻公牛时,他对这头公牛的购买信心与对已经产下 10 到 36 头犊牛的公牛的信心相同,具体取决于其性状。通过这种方式,GE-EPD 可以在这些牛只生命早期提高准确性。考虑到所有这些好处,请记住,基因组增强 EPD 并不会改变 EPD 的使用方式,而只是提高其准确性。


表1.后代等效值(PE)-胴体特征PE等于实际的屠宰数据,而不是超声波扫描的等效值

来源:American Angus Association (www.angus.org).


EPD准确性


       准确度 (ACC) 反映了对给特定牛只 EPD 的预测精度,并为我们提供了对该牛只遗传价值的信心水平。具有更高准确度值的公牛可被称为“验证的公牛”。


       EPD 对性状遗传价值的预测是未来后代预期表现的最佳指标,表示为与群体基值的偏差。认识到不同品种的基础值可能不同很重要;有些品种使用特定年份内的平均值,而其他品种则使用非特定的历史点。


       为了提高年轻公牛 EPD 的准确性,生产者可以收集并提交 DNA 样本,根据不同的性状,对于一个没有其他后代记录的父系,可能相当于大约10个后代记录。随着获得更多的父系后代数据,基因组数据对整体 EPD 准确性的相对贡献会降低。


       对于年轻牛只的 EPD 缺乏信心是因为没有后代或性能数据,而这两者都提高了 EPD 的准确性。例如,对于年轻的公牛来说,它们的大部分遗传价值是基于它们的血统。随着这些牛只年龄的增长和后代的繁殖,我们对它们的遗传价值了解得越来越多。这种增加的信心通过与每个遗传指标相关的准确度值(0-1刻度)的增加来表示。这并不一定意味着EPD会随着准确性的提高而增加。它只是意味着 EPD 变得更接近真实值,无论是增加还是减少。请记住,EPD 代表预期后代差异。对幼年牛只进行基因分型可提高准确性,因为 SNP 基因型对于评估其他后代具有相似的价值。




如何使用EPDs


       在开始使用 EPD 之前,牧场应首先定义其具体的生产目标,然后根据最能让他们实现这些生产目标的 EPD 进行选择。例如,出售断奶犊牛的牧场对 EPD 的优先顺序可能与希望留养后备母牛的牧场或希望牛只全程育肥牧场不同。因此,牧场应根据选择符合其生产目标的种公牛来使用 EPD。


       以下是背景为牧场在断奶时出售整个犊牛群体或保留后备母牛饲养可以使用的一些性状:

出生体重(BW);

公牛产犊便利 (CE) 或直接产犊便利 (CED);

断奶体重(WW);

一岁体重(YW)。

       通过尝试减少助产的数量,同时增加出售的育成牛的销售价值(重量),选择这些特征可以减轻肉牛工作者的日常工作量。


       对于留养后备母牛的牧场,除了前面的列表之外,还经常使用以下 EPD:


总体母体产犊难易度 (CETM)、母体产犊难易度 (CEM) 或母体产犊难易度 (MCE);

产奶量(MILK)或母乳(MM);

母体总体重 (TM)、母体断奶体重 (MWW) 或产量与生长 (M&G);

成熟体重 (MW) 或成熟牛体重 (MCW);

维持能量(ME);

后备母牛怀孕率(HP 或 HPG);

留群性(STAY);

成熟身高(MH);

阴囊周长(SC 或 SCR)。


       这些特征都与预测后备母牛能否成功成为牛群中有价值的母牛有关。


       除了前面提到的母性特征外,通过留养育肥的牧场通常还会关注以下特征:


胴体重量 (CW) 或鲜胴体重量 (HCW);

脂肪(FAT)或背膘(BF);

大理石花纹(MB、MRB 或 MARB)

产量等级(YG);

剪切力(SHR);

眼肉区域(REA 或 RE)。

在这种情况下,所选择的性状是在牛只出栏时销售牛只的价值性状。


示例 1 使用 EPD 进行公牛选择


       在此示例中,牧场正在寻找一头夏洛莱公牛,用于受黑安格斯基因影响并至少产过两头牛犊的的母牛。在这种情况下,牧场在所谓的终端杂交中使用夏洛莱牛,所有小牛在断奶时或在育肥期到屠宰场出售。牧场希望保持产犊的轻松性并在销售时获得更多体重的好处。根据下表,根据 EPD 值,哪种公牛更适合所述目的?



表1.夏洛莱公牛1 用于成熟的杂交母体

1:公牛信息来自 Select Sires Beef 和 Genex.

CE:公牛产犊难易度,BW:出生体重,WW:断奶体重,YW:一岁体重,MCE:母体产犊便利,MILK:产奶量,SCR:阴囊周长,CW:胴体重,REA:眼肉区域,FAT:背部脂肪,MARB:大理石花纹


       在这一生产阶段,重点应主要关注 3 个性状:CE、BW 和 WW。我们假设这些公牛很可能很年轻并且准确性较低,或者未经证实。



       产犊难易度 (CE) 与公牛对出生体重的压力直接相关。预计公牛 B 与 2 岁母牛交配时的无助产率平均会比公牛 A 少 8.7%(如果与小母牛交配,则这是一个劣势)。公牛 B 的预期出生体重平均比公牛 A 重7磅。因此,虽然公牛 A 更适合繁殖后备母牛,但我们的牧场对繁殖多胎母牛很感兴趣。因此,由于公牛 B 的出生体重 EPD 仅比品种平均重 1kg,牧场可能希望将重点放在其他性状上。断奶体重 EPD 的检查表明,公牛 B 预计在断奶时比公牛 A 产下的小牛平均重 14.5kg。这种差异通常会推动断奶时的销售和利润。因此,如果牧场决定在断奶时出售犊牛,公牛 B 可能是合适的选择。此外,即使牧场在断奶时出售犊牛,断奶体重可能也不一定那么重要,该牧场在选择公牛时可能还想考虑一岁体重和一些胴体特征。在这种情况下,逻辑是,在断奶时出售高质量的犊牛,这些犊牛在一岁左右表现良好,并且通过育肥场饲养出高质量的出栏牛只,为育肥场带来利润,从而给牧场带来生产高价值犊牛的声誉。因为这是终端杂交,不会保留任何后备母牛,母性特征完全可以忽略不计。



按指数选择


       现在,除了使用 EPD 进行个体性状选择外,还可以根据“指数”选择牛只。经济指数是一种用于根据特定育种目标同时选择多个性状的工具。经济指数方法考虑遗传和经济价值以及为了利润而选择的性状之间的关系。当希望对几种性状进行遗传改良时,这些性状在变异性、遗传力、经济重要性以及表型和基因型之间的相关性方面可能存在差异,同时进行的多性状指数选择比独立筛选水平或顺序选择更有效(Philipsson等人,1994;Garrick and Golden, 2009)。


       这些是品种协会提供的经济指数的一些例子。每个品种协会都有更多的选择指数,鼓励牧场研究这些选项。

来自American Angus Association (AAA, 2020)


       牛肉价值 ($B) 是以每头美元表示的指数,是未来后代断奶后性能和胴体价值的预期平均差异。


       综合价值 ($C),以每头美元表示,是一个指数,包括构成母体断奶犊牛价值 ($M) 和牛肉价值 ($B) 的所有性状,其目标是牧场每年将保留自己牛群中后备母牛的20%来替换繁殖母牛群。

来自American Hereford Association (AHA, 2020)


       无角母体指数 (BMI$) 是一个旨在使商业母牛犊牛生产商利润最大化的指数,这些生产商在安格斯母牛的轮换杂交计划中使用海福特公牛。


       海福特认证牛肉指数 (CHB$) 是一种终端父系指数,其中海福特公牛用于英国品种母牛杂交,所有后代在CHB的标准定价上作为育成牛出售。

来自 American Simmental Association (2020):


       通用指数 (API) 是一个评估用于整个牛群(由安格斯配初产后备母牛和成年母牛培育)的公牛的指数,其中保留维持牛群规模所需的后备母牛部分,剩余的后备母牛和公牛投入饲料并按等级和产量出售。


       终末指数 (TI) 是评估配成熟安格斯母牛的公牛的指数,所有后代都投入饲料并按等级和产量出售。



示例 2 使用 EPD 进行公牛选择


       牧场正在寻找一头安格斯公牛来培育纯种安格斯牛群。牧场计划留养所有后备母牛饲养并用于繁殖群体,并在断奶时出售其他犊牛。因此,雌性的母性特征将是重要的。


表2.安格斯公牛1 用于纯种安格斯母牛

1:公牛信息来自 Select Sires Beef.

2:品种平均值来自The American Angus Association.

CED:直接产犊难易度,BW:出生体重,WW:断奶体重,YW:一岁体重,CW:胴体重量,Marb:大理石花纹,RE:眼肉区域,FAT:背部脂肪,$M:母体断奶犊牛价值,$W:断奶犊牛的出售价值,$F: 产量特征价值,$G: 总经济价值,$B:牛肉价值。


       为了实现如上所述的牧场目标,我们可以查看母体断奶犊牛价值 ($M),因为它提供了基于断奶犊牛销售的预期母体能力和利润的指示。 $M指标中,公牛 A 生产的犊牛的利润平均比公牛 B 多 80元。对于这种情况,公牛 A 将是更好的选择,因为母牛留养率和断奶犊牛价值都很重要。



跨品种 EPD 比较


       在一个品种内,EPD 可以直接进行比较。不同品种的公牛也可以进行比较,但需要对 EPD 进行调整,因为一个品种评估的 EPD 不能直接与另一品种评估的 EPD 进行比较。自 1993 年以来,美国肉类动物研究中心 (USMARC) 制作了这些调整因素的表格,以便可以在不同品种之间比较个体的优点。



母体基因组测试的好处


       饲养后备母牛是商业肉牛育种场产中最具挑战性的方面之一。此外,后备母牛的培育是一项昂贵的提议。因此,牧场可以在特定后备母牛有机会表达与盈利能力相关的生产力(包括生育力、产犊难易度、产奶能力、生长和成熟体重)之前决定其是否具有生产力和盈利能力。通过采用良好的育种策略并明确选择原则,牧场可以为牛群饲养合适的后备母牛,以优化盈利能力。基因组测试为牛群和商业肉牛牧场能够更有信心地做出更明智的决策,并利用具有优越遗传价值的品种。


       对母牛进行基因分型可以帮助牧场了解其后备母牛的基因位置,以便他们能够更有信心地选择公牛(Pryce 和 Hayes,2012)。商业牛群和纯种牛群关注包括健康性状、性能、胴体质量和母性性状在内的盈利指标,将

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